Les virus, les animaux et nous

C’est une cohabitation, une coexistence, qui s’inscrit dans le temps. Et même depuis la nuit des temps. Apparus avant nous,  les virus sont partout, dans tous les milieux (1), et comme tous les autres êtres vivants nous en accueillons des nombres  et variétés incommensurables.  Ces colons minuscules sont le plus souvent inoffensifs.Après tout leur survie est liée à celle de leurs hôtes… à moins de changer d’hôte. Et cela, les virus savent faire. Et c’est ici que peuvent commencer les problèmes pour le nouveau convive.

A quoi cela est du ? On ne le sait trop. Si ce n‘est que les virus comme tous les êtres vivants évoluent, se transforment, s’adaptent. Et puis ils ont le tempérament baladeur et changent d’hôtes au gré des opportunités environnementales aussi changeantes que peut l’être notre biosphère en perpétuelle mutation.

La mémoire humaine a retenu, puis oublié de multiples batailles, et même des guerres qu’il a fallu mener contre des virus. Nous en vivons une qui a un nom : pandémie du COVID-19. Nous n’en sommes qu’à ses débuts : des projections envisagent qu’elle perdurera jusqu’en 2024, entrecoupée pour les  150 pays où elle se manifeste de plusieurs périodes de confinement pour les populations, au moins jusqu’à 2022, pour ensuite régresser jusqu’à disparaître. (2).  Donc il va falloir longtemps vivre avec.

Et oui nous sommes en guerre. Et dans une guerre, la première nécessité est de bien identifier l’ennemi et ses complices. Pour cela  regardons l’Histoire sans oeillères et puisons dans ses archives pour y trouver des expériences, les victoires aussi bien que les échecs qui nous aiderons à nous mettre en ordre de bataille, et qui sait vaincre ce SARS-Cov-2 qui aujourd’hui nous paralyse.

La premier incident grave récent d’origine virale qui me vient à l’esprit est l’Epidémie de Fièvre Porcine due au coronavirus PEDv qui a décimé ce cheptel aux USA en 2013, et comment elle a été jugulée. 

C’est au printemps 2013 qu’elle est apparue et bientôt 32 états de ce pays ont été touchés et 8 millions de porcs ont du être abattus. 

Il se trouve qu’on a pu identifier rapidement le virus responsable de la maladie, et surtout s’assurer qu’il n’affectait pas les humains. Il n’empêche que  en quelques mois jusqu’à 10 %  des cochons d’outre Atlantique ont été infestés. Ce qui a fait chuté les cours de cette viande : santé et économie ne sont jamais bien loin lors de ce type de  désastre !

Pour combattre l’expansion de la maladie, les éleveurs ont entrepris une grande campagne de nettoyage, de désinfection et isolation des fermes à cochons. Surtout on a mis fin aux pérégrinations des troupeaux de cochons, transportés jusqu’alors depuis les fermes d’élevage sur des milliers de kilomètres de marchés en marchés à travers le pays pour être vendus au meilleur prix. Et les bétaillères aussi ont été confiées aux fermiers avant embarquement de leurs ouailles pour être désinfectées par leurs soins. Sans oublier d’exiger des chauffeurs et manutentionnaires une hygiène stricte : ils pouvaient jouer le rôle de vecteurs du virus. 

Tous les fermiers suivirent strictement ces protocoles et aussi s’obligèrent à ne plus se fréquenter, sinon après s’être soigneusement lavés et avoir changé de vêtements. 

Et l’on peut voir sur la figure suivante que la production de porcs et cochons est repartie à la hausse  après qu’aient été prises ces mesures de prophylaxie.

Fig.1 Production de porcs et cochons aux USA

Cette histoire doit nous ouvrir les yeux. 

Un premier constat : il n’existait pas de vaccin « longue durée » pour protéger les cochons du coronavirus PEDv, et je crois qu’il n’en existe toujours pas. Ce sont les fermiers et eux seuls qui ont combattu et jugulé l’épidémie. 

Le deuxième est que le SARS-Co-2 et le PEDv  appartiennent à la même famille de coronavirus et ont bien des points communs : les deux ciblent différents hôtes et différentes parties de leurs corps.  Le troisième et le plus important est que pour combattre l’épidémie, une hygiène stricte fut  la première arme. La deuxième a consisté à mettre fin aux « voyages » des cochons d’élevage qui d’évidence favorisaient la propagation du virus. 

L’expérience appliquée aux humains implique donc que pour combattre une épidémie virale, il faut que nous adoptions des mesures d’hygiène renforcées, pluri quotidiennes, cessions de voyager et mettions fin à la mode du « tourisme mondial » et aussi apprenions à déceler les symptômes de la maladie. 

Mais aussi il va falloir que nous surveillons de près nos fréquentations, en particulier tous les Mammifères proches de nous, soit parce que ce sont des animaux qualifiés de domestiques, soit parce qu’ils ont une proximité phylogénétique qui fait que leurs virus  sont si ce n’est  analogues, du moins très proches de ceux des humains. 

Et oui il faut nous rendre à cette évidence : nous sommes des Mammifères, et de par cette proximité phylogènétique, tous sans exception sont susceptibles de nous transmettre des zoonoses, c’est-à-dire des maladies et infections transmises des animaux l’homme. Beaucoup sont d’origine bactérienne et parasitaire. Mais ce sont celles virales qui nous intéressent aujourd’hui et en particulier les plus récentes apparues depuis l’année 2000 et qui ont provoqué des épidémies ravageuses dans nos rangs.

Année après année,  leurs virus  ont pu être identifiés, les pathologies qu’ils provoquent  analysées et les réservoirs probables de ces virus localisés. En voici un bref résumé :

- 2003, SRAS-Co,  Infection respiratoire, 30 pays, 8 096 cas, 774 décès (9.6 %).

  • 2009, H1N1,  Grippe, 74 pays, entre 151 700 et 575 000 décès.
  • - 2012, MERS-CoV, Infection respiratoire, 15 pays du Moyen-Orient, 937 cas, 342 décès (27 %).
  • 2014,  Filiovirus Ebola, Fièvre hémorragique,  24 pays environ, taux  de mortalité  50%.
  • 2020 SARS-CoV-2, Codiv-19, Infection respiratoire, 150 pays, pandémie en cours. A ce jour 165 000 décès.

D’où proviennent ces virus ? Comment se sont-ils propagés dans les populations humaines et quels étaient les agents de cette propagation ?

Hors le MERS-Cov du Moyen-Orient qui semble avoir été transmis par le dromadaire, les quatre autres sont probablement les descendants de virus présents chez les  Chauve-souris. Et ce de longue date. Ces animaux ont un système immunitaire qui les met à l’abri de bien des attaques virales, et dès lors constituent un réservoir d’où peuvent s’échapper des mutants qui s’avèreront des pathogènes plus ou moins redoutables pour d’autres Mammifères, en particulier ceux dont ils son proches par leur histoire phylogénétique, à savoir les Primates, les Rongeurs, les Tupayes et les Dermoptères. 

Bien que les Chauve-souris ne soient pas des animaux spécialement proches de nous dans la vie courante, tout indique que dans les périodes récentes plusieurs de leurs virus nous ont contaminés… et ce n’est pas fini ! D’autres épidémies d’origine virale sont à craindre dans un avenir proche, et elles n’auront pas toutes pour réservoir une chauve-souris. 

Cependant il y a un préalable à toute épidémie de ce type qui jusqu’ici n’a fait l’objet que d’hypothèses et conjectures sans réellement trouver de réponse satisfaisante : comment se fait-il qu’un virus jusque là reclus chez les Chauve-souris (800 espèces) s’en échappe et nous contamine  ?

La première réponse, qui est la mienne mais que beaucoup partagent, est que depuis la Révolution Industrielle, notre Terre s’est singulièrement rétrécie. Nous voici plus de 7 milliards d’individus, tous plus empressés et avides les uns que les autres d’exploiter les ressource de notre  planète, se déplacer, échanger des personnes et des biens. Les distances entre humains et entre humains et animaux se sont réduites, favorisant les échanges certes, mais TOUS les échanges, y compris les maladies, en particulier celles d’origine virale et animale, autrement dit les zoonoses. 

Une étude récente que j’ai évoquée récemment (http://www.scilogs.fr/histoires-de-mammiferes/quels-mammiferes-sont-les-principaux-agents-de-contamination-de-nos-maladies-virales/) dresse un bilan du risque viral que nous encourons à court terme (3). Ces chercheurs constatent d’abord que le nombre de virus pathogènes d’origine animale est proportionnel au nombre d’espèces les plus fréquentes et au nombre d’individus de chacune d’entre elles, en particulier celles qui se sont le mieux adaptées aux paysages urbains, agricoles et industriels façonnés par l’homme. Pour eux, tous les animaux domestiques, et aussi les Primates, les Chauves-souris et les Rongeurs sont les plus susceptibles de nous transmettre des virus pathogènes  Par ailleurs, l’exploitation de la faune sauvage, sa chasse et son commerce, ainsi que la réduction des espaces de vie  des animaux sont des facteurs qui facilitent leurs contacts avec les humains, et donc la transmission de leurs pathogènes. 

Dans la propagation de la pandémie due au SARS-COV-2, on a envisagé que des chauve-souris aux humain, les pangolins en vente sur le marché de Wuhan avaient transmis le virus aux amateurs de cette viande sauvage, qui ensuite s’était répandu entre humains avec les conséquences que l’on sait. Sans directement remettre en cause ces conclusions, un chercheur vient de suggérer la possibilité que de par ses qualités immunologiques, le virus originel de la Chauve-souris BatCoV pourrait avoir tout aussi bien été accueilli par des  chiens, lesquels l’aurait transmis aux humains (4). Rappelons que les chiens comme les pangolins sont au menu de la cuisine orientale. Et les autorités chinoises si elles ont de fraiche date interdit la consommation de viande sauvage, n’ont pas étendu l’oukase à celle des chiens et des chats. Pour autant, on ignore encore quel ou quels mammifères, domestiques ou sauvages, ont transmis le virus de la COVid-19.

Mais alors quels Mammifères sont-ils les plus susceptibles de nous contaminer ? Pour répondre à la question les chercheurs cités livrent à notre réflexion le schéma ci-dessous. Il fait état de la  richesse en virus des mammifères sauvages (5335 espèces) et de celle des Mammifères domestiques (12 espèces). En premier (a) est figurée l’abondance des virus susceptibles de provoquer de la part des mammifères sauvages des zoonoses (maladies infectieuses des animaux transmissibles à l’homme). La surface de chaque cercle est proportionnelle au nombre d’espèces de chaque ordre (on a exclu les ordres les plus pauvres, moins de 2 % d’espèces). Le schéma (b)  illustre l’abondance en virus de zoonoses en rapport avec la richesse estimée en millions d’individus des  animaux domestiques. et  de celle des humains.

F!g.2. Richesse en virus (% par ordres) chez tous les mammifères (nombre d’espèces) et chez les mammifères domestiques et les humains (millions).

Les chercheurs ont constaté que de par leur proximité, ce sont les mammifères domestiques qui possèdent le plus grand nombre de virus présents aussi chez les humains. Dans l’état des connaissances, très incomplètes pour ce qui concerne la faune sauvage, il est possible d’affirmer que en moyenne  les animaux domestiques  sont le réservoir de 19.3 des zoonoses dues à des virus qui nous affectent (entre 5 et 31), alors que la faune sauvage n’est porteuse  que de 0.23 de ces mêmes zoonoses (entre 0 et 16).  

Les 10 espèces de mammifères les plus menaçantes pour l’homme parce que porteuses de virus proches de ceux des êtres humains sont 8 espèces domestiques - cochons, bovins, chevaux, moutons, etc -, et 2 espèces sauvages, la souris des maisons et le rat noir, qui rappelons le sont en pleine expansion démographique dans nos villes. 

Pour les animaux sauvages, trois ordres, les Primates, les Chauve-souris et les Rongeurs,  sont hôtes de la majorité (75.8 %) des zoonoses dues à des virus jusqu’ici décelés. N’oublions pas qu’ils rassemblent  72.7 % de toutes les espèces de mammifères.

Au final, ce sont les populations de mammifères les plus nombreuses en individus qui sont le plus à risque dans la propagation des virus et leur transmission à l’homme, et ce sont aussi celles qui sont le plus en contact avec nous, soit au travers de la domestication, soit du fait de la réduction drastique de l’espace dévolu aux animaux sauvages par les activités humaines. 

En conclusion, je souhaite revenir à l’exemple premier que j’avais choisi, celui de l’Epidémie de Fièvre Porcine de 2013 et comment elle a été jugulée : hygiène stricte, isolement des élevages, et raccourcissement drastique des circuits de distribution. Le tout sans vaccin. 

Il est impératif que nous adoptions les mêmes règles : finis les circuits de distribution des biens alimentaires d’échelle mondiale, la surproduction et son corollaire le gaspillage, fini le tourisme de masse, fini le pétrole roi et ses industries  satellites qui sont toutes plus  polluantes les unes que les autres.

 Ce qui ne veut pas dire qu’il faille faire fi de la mondialisation et de la coopération internationale : c’est la Santé Publique qu’il faut mondialiser et rendre accessible à tous les Humains. 

Un dernier mot : cultivons notre jardin, écoutons nous vivre les uns les autres. et n’oublions pas que nous sommes mortels.

  1. Des traces infimes de SARS-CoV-2 détectées dans les eaux non potables de la Ville de Paris nous apprend le Monde du 19 avril https://www.lemonde.fr/sante/article/2020/04/19/des-traces-infimes-du-sars-cov-2-dans-l-eau-non-potable-de-la-ville-de-paris_6037099_1651302.html
  2. Kissler et al. 2020. Projecting the transmission of SARS)CoV-2 through the postpandemic period. Science 10.1126/science.abb5793 (2020). https://doi.org/10.1126/science.abb5793

 3)  Johnson CK, Hitchens PL, Pandit PS, Rushmore J, Evans TS, Young CCW, Doyle MM. 2020   Global shifts in mammalian population trends reveal key predictors of virus spillover risk. Proc. R. Soc. B 287: 20192736. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2019.2736

   4) Xuhua Xia. 2020. Extreme genomic CpG deficiency in SARS-CoV-2 and evasion host antiviral defense.  Published by Oxford University Press on behalf of the Society for Molecular Biology and Evolution.http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/


3 commentaires pour “Les virus, les animaux et nous”

  1. Pierre Diebolt Répondre | Permalink

    L'espèce de mammifère la plus répandue en Chine est l'humain, 1,5 milliards d'individus. Pourquoi un coronavirus rdlativement inoffensif n'aurait-il pas muté en passant d'un individu à l'autre ?

  2. claudio Répondre | Permalink

    Bonjour,
    Cette nouvelle épidémie (où nous agissons finalement pas autrement que dans les siècles passés) me confirme dans mon sentiment d'une science biologique bien primitive (par comparaison à la Physique) : espérons que cette épidémie fera prendre conscience de la priorité à donner aux sciences du vivant, pour comprendre au final les mécanismes les plus fondamentaux qui donneront les moyens à la médecine (en particulier) d'être réellement efficace.

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